Na região Alta Paulista, onde hoje se localiza a diocese de Marília, habitavam, no século XIX e início do século XX, tribos de índios caigangues ou coroados. Em abril de 1901, o missionário Monsenhor Claro Monteiro do Amaral, navegando pelo Rio Aguapeí, ou Rio Feio, chegou à região, com o objetivo de evangelizar os índios. Porém, depois de um mês de viagem e de trabalho com os caigangues, o Monsenhor Claro Monteiro foi flechado e morto às margens do rio. Muitos outros evangelizadores, membros da expedição religiosa, também foram mortos na região, onde hoje estão localizadas as cidades de Queiroz e Arco-Íris.

Em suas referências históricas, descritas no livro em comemoração aos 25 anos da diocese de Marília, o Monsenhor João Baptista Tóffoli também faz menção a outras duas tentativas de evangelização da região. Em 1912, no extremo oeste da diocese de Marília, os frades capuchinhos abriram um núcleo de catequese entre os índios caigangues.

O trabalho, que foi realizado na margem esquerda do Rio Paraná, ocorreu onde hoje está situada a cidade de Panorama.

Os missionários que tiveram destaque entre os caigangues foram os frades Sigismundo de Canazei e Francisco. O trabalho do núcleo de catequese foi realizado até 1915.

Missionários do Sagrado Coração de Jesus – Outro trabalho missionário, do início do século XX, ocorreu no extremo leste da região.

Em 12 de dezembro de 1913, os Padres Missionários do Sagrado Coração de Jesus tomaram posse na paróquia de Bauru.

A área de atuação dos missionários também incluía a cidade de Marília, que naquela época era chamada de Alto Cafezal. Três anos após, através de decreto do bispo de Botucatu, Dom Lúcio Antunes de Souza, foi criada a paróquia de Pirajuí.

Isto também influenciou cidades hoje pertencentes à diocese de Marília. Com a criação da paróquia, muitas fazendas de cultivo cafeeiro passaram a ser atendidas pelos padres missionários.

Ao longo das primeiras décadas do século XX, muitos missionários se dedicaram à evangelização do povo residente no atual território da diocese de Marília.

Este foi o caso do Monsenhor Domingos Chohachi Nakamura, que veio do Japão em junho de 1923, com o objetivo de atender os imigrantes japoneses da região.

Atualmente, a diocese de Marília faz divisa com as dioceses de Lins e Araçatuba, ao norte; Bauru e Ourinhos, ao leste; Assis e Presidente Prudente, ao sul; e Três Lagoas, no Mato Grosso do Sul, ao oeste.

Em 1908, a diocese de São Paulo era a única existente em todo o Estado. No dia 8 de outubro do mesmo ano, a diocese foi elevada a arquidiocese e, a partir desta data, cinco novas dioceses foram criadas no Estado: Campinas, Taubaté, São Carlos, Ribeirão Preto e Botucatu. A região onde hoje se encontra a diocese de Marília pertencia ao território da diocese de Botucatu, que compreendia as extensões ao sul do Rio Tietê, desde o litoral até o Rio Paraná, que faz divisa com o Estado do Mato Grosso do Sul.

Em 21 de junho de 1926, foi criada a diocese de Cafelândia, que abrangia o território entre o Rio Tietê e o Rio do Peixe, desmembrado da diocese de Botucatu. O primeiro bispo da nova diocese, Dom Ático Euzébio da Rocha, tomou posse em junho de 1929 e, um mês após, decretou a criação da primeira paróquia da região da Alta Paulista. A Paróquia de São Bento, que mais tarde se tornou a sede da diocese de Marília, foi criada em 15 de julho de 1929.

O segundo bispo a tomar posse na diocese de Cafelândia foi Dom Henrique César Fernandes Mourão. Porém, entre 1945 e 1948, a sede episcopal da diocese ficou vacante, devido à morte de Dom Henrique César. Durante esses três anos, quem assumiu a diocese de Cafelândia foi o vigário capitular, Monsenhor Vítor Ribeiro Mazzei.
Em agosto de 1948 chegou à diocese o novo bispo, Dom Henrique Gelain, vindo do Estado da Paraíba. Dois anos depois, a sede da diocese de Cafelândia foi transferida para Lins, a pedido de Dom Henrique, que executou a bula “Apostolicis sub plumbo Litteris”. Em seguida, o território da diocese de Lins foi reduzido, com a criação da diocese de Marília, que fica entre o Rio Aguapeí, ou Rio Feio, e o Rio do Peixe.

Desde a criação, não foi acrescentada, nem retirada, nenhuma área da diocese de Marília. Segundo o bispo emérito, Dom Frei Daniel Tomasella, durante o seu bispado se pensou em fundar uma nova diocese em Dracena. Porém, ainda de acordo com ele, muitos padres se opuseram à proposta, devido ao grande êxodo da população daquela região, que se mudava para grandes centros.

Dioceses do Estado – Regional Sul 1